Sampel makanan yang diambil dihantar ke Makmal di bawah KKM ataupun Jabatan Kimia dan juga Makmal-Makmal yang diiktiraf dengan tujuan untuk dianalisis. Analisis ini dijalankan oleh Juru Analisis yang berpengalaman dengan penggunaan peralatan yang canggih dan kaedah yang diiktiraf oleh badan antarabangsa. Di antara analisis makanan yang dijalankan oleh pihak KKM ialah analisis mikrobiologi, pencemaran logam berat, mikotoksin, sisa racun perosak, sisa dadah, analisis proksimat, bahan aditif dan makanan terubahsuai secara gentik (Genetic Modified Food – GMF).